In Deutschland gilt das sogenannte Gendiagnostikgesetz (GenDG), welches im Jahr 2010 in Kraft trat. Das Gendiagnostikgesetz regelt den Umgang aller genetischen Untersuchungen am Menschen und gilt auch für Vaterschaftstests. Die folgende Zusammenfassung veranschaulicht die gegebenen Anforderungen zur Einhaltung der amtlichen Richtlinien. Zur Durchführung eines Vaterschaftstests unter Berücksichtigung des Gendiagnostikgesetzes gelten die nachfolgenden Punkte:
Erforderliche Laboruntersuchungen für einen Vaterschaftstest müssen im Rahmen der gegebenen Anforderungen des Gendiagnostikgesetzes sowie der Richtlinie der GEKO durchgeführt werden. Das bedeutet, dass die Laboruntersuchungen von mindestens 15 unabhängigen STR-Systemen untersucht werden müssen und im Ausschlussfall entsprechende Kontrolluntersuchungen durchzuführen sind. Der AVACH-Wert muss bei mindestens 99,999% liegen.
Die Durchführung eines Vaterschaftstests ohne die schriftliche Einverständniserklärung der beteiligten Personen ist generell verboten.
Für ein aussagekräftiges Ergebnis eines Vaterschaftstests ist die Mutter in der Regel immer mit einzubeziehen. Nur in besonderen Ausnahmesituationen ist ein Vaterschaftstest ohne das Einbeziehen der Mutter erlaubt. Eine solche Ausnahmesituation kann beispielsweise der Verzug an einen unbekannten Aufenthaltsort sein oder auch der Tod der Mutter.
Es besteht jedoch die Möglichkeit auf das Einbeziehen der Mutter zu verzichten, wenn das Kind die Volljährigkeit bereits erreicht hat. Handelt es sich um einen Säugling oder ein Kleinkind, trägt oftmals gerade das Einbeziehen der Mutter als wichtigste Maßnahme zur Feststellung der Identität des Kindes bei.
Das für den Vaterschaftstest erforderliche entnommene Probenmaterial muss nach der Entnahme durch den Arzt von Selbigem unmittelbar an das untersuchende Labor gesandt werden. Das Aushändigen des Probenmaterials an die beteiligten Personen ist rechtswidrig. Wenn der Vaterschaftstest später vor Gericht verwendet werden soll, kann die Missachtung der rechtlichen Vorgabe zu erheblichen Schwierigkeiten führen und gegebenenfalls nicht verwertet beziehungsweise anerkannt werden.
Die Richtlinien sehen für den gesamten Ablauf eines Vaterschaftstests eine entsprechende Dokumentation vor. Das bedeutet, dass aus den Unterlagen detailliert der Ort und die Uhrzeit der Durchführung des Vaterschaftstests hervorgehen müssen, sowie durch wen die Durchführung erfolgte. Die Eintragungen müssen von allen beteiligten Personen und vom durchführenden Arzt unterschrieben werden.
Einem Vaterschaftstest, der vor Gericht verwendet werden soll, können für eine überzeugende Aussagekraft zusätzlich Fotomaterial vom Termin der Probenentnahme und jeweils eine Kopie der vorgelegten Ausweise beigelegt werden. Auf diese Weise kann vor Gericht die Teilnahme der Probanden am Vaterschaftstest glaubhaft nachgewiesen werden.